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La cripta di San Guglielmo, che consta di tre navate, fu consacrata nel 1963. Al Santo è dedicato l’altare maggiore sotto il quale si trovava la pregevole urna contenente le sue spoglie mortali, prima di essere traslata sotto l’altare maggiore della Basilica Cattedrale. Nelle navate trovano posto otto altari, consacrati nel 1964, ciascuno dedicato a due santi: Sant’Eleuterio e Sant’Antia, Santa Giuliana e Santa Faustina, San Costanzo e San Deodato, San Barbato e San Massimo, San Giasone e San Mauro, San Mercurio e San Potito, Sant’Ermolao e San Modesto, San Vittore e San Prisco. Sui muri delle navate sono custodite, in urne, le Reliquie del Santuario di Montevergine.